O game é uma oportunidade para sabermos a origem do herói, que foi criado para ser um robô de propósitos domésticos, assim como a "irmã" Roll. Depois, o cientista Thomas Light criou mais seis robôs para uso industrial, como o fortão Guts Man e Cut Man. Por essas realizações, Dr. Light foi agraciado com o prêmio Nobel, fato que enciumou o rival e antigo colega Dr. Wily, por não ser creditado por suas colaborações.
Como vingança, ele rouba e reprograma os seis robôs para servir aos seus propósitos malignos. Mega Man, tomado pelo senso de justiça, pede para ser modificado como um robô de combate e assim lutar contra seus ex-colegas e o malvado Dr. Wily, que viraria seu arquiinimigo em mais sete continuações diretas.
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